Болалар жаррохлиги бўлими 50та ётоққа эга. Бўлим раҳбари тиббиёт фанлар доктори, профессор Хабибулла Атауллаевич Акилов. Бўлимда кам инвазив жарроҳлик усулларини ишлатилиши кенг йўлга қўйилган, шу жумладан, лапароскопия, торакоскопия, ошқозон-ичакданқон кетишида эса – эндоскопия. Бўлим раҳбари проф Х.А.Акилов. раҳбарияти остида қоринни ёпик жарохатлари, болаларда ошқозон ва ичак яра касаллиги асоратлари ва ўпкани бактериал емирилишининг ташъис ва даволаш усулларини янада такомиллаштириш устида илмий изланишлар олиб борилмоқда.